内窓の商品価格は約2割ほど高くなりますが、効果を考えれば断然ペアガラスをオススメします。最近はさらにLowEガラスという高性能ガラスも価格がかなり下がってきているのでLowEガラスも価格を確認の上、検討してもいいのではないでしょうか？
結露だけでなく、夏の直射に日光を遮る遮熱タイプもあり効果は抜群です。

ただ、結露対策を考える時には、ガラスと合わせて室内の湿度を下げる工夫も合わせて考えるとより効果は高いですよ。
結露のは部屋の高い湿度が大きな原因です。水蒸気量が多いガスファンヒーターの暖房を減らし、エアコン暖房を少し多用することや、除湿機を併用して使うなど部屋の湿度調整も大きな効果（といっても湿度を減らすのは大変ですが・・・）があるので合わせて対策してはいかがでしょうか？